چاپگرهای سه‌بعدی نیز همانند تمام دستگاههای متصل به رایانه‌ها می‌توانند هک شوند که با توجه به کاربرد گسترده آنها در زمینه‌های متعدد می‌تواند بسیار خطرناک باشد.
امروزه چاپگرهای سه‌بعدی در تولید تجهیزات هواپیما، موشک، فضا، پزشکی و حتی اندام مصنوعی به کار گرفته می‌شوند و خرابکاری در روند چاپ این وسایل بوسیله هکرها می‌تواند صدمات جبران‌ناپذیری در پی داشته باشد خصوصا اگر زمانی این خرابکاری کشف شود که کار از کار گذشته باشد.
به همین دلیل محققان دانشگاه‌های جورجیا و راتگرز آمریکا موفق به طراحی یک سامانه نظارتی شدند که در تمام مراحل عملکرد چاپگر سه‌بعدی را در نظر می‌گیرد تا عملیاتی خارج از چارچوب تعیین‌شده انجام نشود.
در قدم اول این سامانه صدای چاپگر را بررسی می‌کند تا مشخص شود که روند چاپ دقیقا همانند مسیر تعیین شده پیش می‌رود یا خیر.
در هر بار که یک کپی از محصول مورد نظر چاپ می‌شود، صدای چاپگر با صدای اولیه که به عنوان صدای مرجع و معیار برای سامانه تعریف شده، تطبیق داده می‌شود و در صورت وجود تناقض، اعلام اخطار می‌شود.
در مرحله بعد، این سامانه نظارتی حرکت اجزای چاپگر را مورد ارزیابی قرار می‌دهد و مجددا در صورتی که حرکت بازوها و اجزا با حرکات تعریف‌شده استاندارد متفاوت باشد، سامانه اخطار خواهد داد.
مهمترین و قدرتمندترین رهیافت این سامانه برای تشخیص هک شدن چاپگر این است که از نانوذرات طلا که در لوله‌های بسیار ظریف تعبیه شده همراه با مواد تشکیل دهنده استفاده خواهد شد. این لوله‌ها بر روی خروجی کار تاثیری نمی‌گذارند ولی با استفاده از توموگرافی رایانه‌ای ساختار داخلی محصول را نمایش می‌دهد تا در صورتی که هر تغییری در محصول ایجاد شده باشد قابل رصد باشد.
دانشمندان قبلا نشان داده‌اند که چاپگرهای سه‌بعدی را می‌توان هک کرد، به علاوه آنها سیستم خود را بر روی سه نوع چاپگر مختلف آزمایش کردند که هر کدام پروتز زانو پروتئین پلی اتیلن را ساختند - محصولی که قطعا باید به درستی چاپ شود.